L’église, construite au XIIème siècle, est sous le vocable de Saint-Paul, la paroisse dépendant alors du chapitre de Saint-Paul de Lyon qui possédait également une grande partie du territoire et y nommait le curé.
Elle est de conception romane mais a été profondément remaniée au cours des siècles. A l’origine le chœur était plus petit et deux arcs romans le flanquaient au nord et au sud.
L’église de Rignieux Le Franc possédait initialement quatre chapelles : l’une voutée de style romane cachée actuellement au nord de l’autel, la chapelle de la Vierge, et deux chapelles dédiées à Saint-Paul et au Sacré-Cœur.
Le chœur était éclairé par une grande fenêtre à l’est et une petite au sud.
La date de 1579 inscrite sur une pierre d’angle vers le chœur témoigne d’une première transformation de l’église de Rignieux-Le-Franc avec la construction d’un clocher octogonal surmonté d’un dôme à trois cloches dont parle l’abbé EVIEUX avant la révolution.
Cette construction expliquerait les travaux de renforcement réalisés dans l’église pour en supporter le poids : construction de piliers à différents endroits, l’un dissimulant une chapelle et deux autres masquant les arcs romans. En outre, l’abbé EVIEUX note la présence d’une tribune qui existait au fond de la nef et donnait accès au beffroi du clocher.
Suite à une ordonnance du révolutionnaire ALBITTE, le clocher de Rignieux Le Franc fût détruit le 14 août 1792 (comme tous les clochers des églises). En 1813 il est reconstruit tel que nous le connaissons aujourd’hui et la commune achète une cloche.
En 1835, Marie Anne Sophie JACOB finance l’agrandissement de la nef et la construction d’une chapelle, la chapelle Notre-Dame au sud.
A l’issue de ces travaux, sur le fronton de l’église, fut placée une Vierge au manteau, flanquée de deux statues de St Roch et St Sébastien provenant de Samans, comme on peut le voir sur la photo ci-contre extraite d’un article de la Voix de l’Ain.
En 1846, la commune de Rignieux achète une deuxième cloche.
En 1847, la sacristie est à son tour agrandie. Les vitraux de l’abside et de la chapelle Notre-Dame sont posés en 1849 et celui de la chapelle Saint-Paul en 1869.
A noter que la statue de saint Roch est inscrite à la liste complémentaire des objets mobiliers classés parmi les monuments historiques.
En 1974, sont entrepris des travaux de restauration, un dégagement des charpentes et des maçonneries, ainsi qu’une réfection des dallages.
Les deux statues de saint Roch et saint Sébastien sont replacées à l’intérieur de l’édifice, celle de la « Vierge au manteau » est installée au sud de l’église, sur un socle d’une ancienne croix à côté de la tombe de Marie Anne Sophie Jacob, à l’emplacement de l’ancien cimetière de Rignieux Le Franc.
En 2023 une prestation de nettoyage a été réalisée sur la statue de la Vierge (en partie subventionnée par le Département), qui lui a redonné sa splendeur d’antan.